Le renforcement du contrôle d’une comptabilité informatisée, lorsqu’elle est tenue en passant par un système informatisé, les agents de l’administration sont en droit d’effectuer un contrôle en procédant à des traitements informatiques des données conservées par le contribuable.

Le contribuable doit choisir le mode opératoire des traitements informatiques entre trois options :

1.    Soit ces traitements sont effectués par le vérificateur sur le matériel présent en entreprise.
2.    Soit par le contribuable, celui qui effectue tout ou partie des traitements informatiques nécessaires à la vérification.
3.    Soit ils le sont par le vérificateur, hors de l’entreprise, après remise par le contribuable d’une copie des fichiers informatiques nécessaires.

La loi prévoit que si le contribuable a choisi d’effectuer lui-même les traitements, il doit mettre à la disposition de l’administration dans les 15 jours de sa demande les copies des documents, données et traitements soumis à contrôle. Ces copies sont faites sur tous supports informatiques répondant à des normes fixées par un arrêté du ministre chargé du budget. L’administration peut effectuer sur ces copies tout ou une partie des traitements informatiques nécessaires à la vérification.

Dans ce cas elle doit communiquer au contribuable sous forme dématérialisée ou non, au choix du contribuable, le résultat des traitements informatiques qui donnent lieu à des rehaussements au plus tard lors de l’envoi de la proposition de rectification.
Il s’agira de la même procédure lorsque le contribuable opte pour la réalisation des traitements par l’administration, il sera tenu de mettre à la disposition de celle-ci, dans les 15 jours suivants la formalisation par écrit de son choix, les copies des documents, des données et des traitements soumis à contrôle.

Si la communication des documents comptables n’est pas effectuée des peines seront encourues. Une amende de 5 000€ ou, en cas de rectification et si le montant est plus élevé, une majoration de 10% des droits mis à la charge du contribuable s’applique pour défaut de présentation des documents, des données et des traitements nécessaires à la mise en œuvre des investigations prévues par le contrôle des comptabilités informatisées.

Ces amendes et majorations s’appliquent pour la non mise à disposition des copies de ces documents, données et traitements dans les délais et sous un format respectant les normes prévues par la loi. Concernant les délais de contrôle des petites entreprises, ce délai est de trois mois sur place en cas de vérification d’une comptabilité informatisées dans les conditions vues précédemment. En cas de constatation de graves irrégularités privant la comptabilité de valeur justificatives, ce délai est porté à six mois. Ce délai de vérification sur place de six mois est rallongé de la durée des traitements effectués sur ces fichiers FEC, conformément à l’option retenue du contribuable.

L’objectif pour l’administration est de reconstituer une balance générale à l’aide du FEC et la comparer à celle issue du logiciel comptable. Un autre contrôle consistera à s’assurer que le nombre de lignes d’écritures est le même que dans le logiciel comptable.